На заседании Попечительского Совета ректор семинарии отметил, что если бы модульная система не была своевременно введена, то уже прошлый учебный год не смог бы состояться: за последнее время из Семинарии по разным причинам (выход на пенсию, сокращение финансирования и переход на другую работу) ушло три преподавателя. Поэтому Семинария оказалась зависимой от помощи со стороны приглашенных преподавателей из России и из-за рубежа. К счастью, модульная система и план модулей на прошлый учебный год были подготовлены заранее и – даже, невзирая на некоторые потрясения, оказавшиеся и вовсе неожиданными – Семинария смогла достойно провести учебный год.
Учебный год был открыт модулем, который носил название «Батюшка, священник, профессионал». Своими знаниями и опытом многолетней работы делился Пастор Г. Хехлер из г. Югенхайм (Германия). Пастор Хехлер построил свои лекции весьма интересным способом. Стулья в круг, песенники в руках и, что самое немаловажное – каждый получил возможность высказаться и рассказать о своем опыте. А рассказать было о чем, так как  каждый день поднимались важные вопросы, с которыми столкнется любой пастор.  Как вести беседу с умирающим человеком, с его близкими, как подготовиться ко Крещению, Венчанию, Конфирмации, навыки душепопечительского разговора – это лишь краткий список тем, которые поднимал Пастор Хехлер. Четверо студентов Семинарии: Анастасия Разинькова, Игорь и Юля Дыба, Александра Либшток провели вместе с Господином Хехлером два воскресных Богослужения в Церкви св. Петра на Невском проспекте.
На смену пастору Хехлеру пришел генеральный секретарь Союза Мартина Лютера пастор доктор Райнер Шталь. Модуль продолжается две недели и был посвящен теме церковного права и отношений с партнерами. Л. Панкратова (Казань), пастор Э. Жейдс (Санкт-Петербург) и А. Буров (Санкт-Петербург, Государственный музей истории религии) разбирали со слушателями различные правовые и церковно-правовые вопросы. Д-р Шталь рассказывал о важнейших принципах взаимоотношений с зарубежными партнерами. Цель модуля  – дать его участникам (из Санкт-Петербурга, Новороссийска, Донецка, Иркутска, Волгограда, Ульяновска, Казани и Краснодара) необходимые знания, помочь им в работе с правовыми вопросами и в их общении с партнерами, как в России, так и за рубежом. Речь  также шла о том, что общины должны научиться самостоятельно решать возникающие проблемы. Доктор Шталь коротко рассказал об историческом контексте развития партнерских отношений с зарубежными Церквями, на основе членства во Всемирной Лютеранской Федерации, разъяснил структуру евангелического церковного ландшафта в Германии и «правил игры» в отношениях с главными немецкими партнерами, прежде всего с Союзом Мартина Лютера и Фондом Густава Адольфа. Он также детально объяснил, как следует заполнять подаваемые в эти организации заявки на различные проекты, как вести отчетность.
В начале апреля 8 студентов Семинарий были приглашены в Москву в общину свв. Петра и Павла на Пасху. Студенты встретились с епископом Дитрихом Брауэром и приняли участие не только в подготовке, но и в самом Богослужении.
 В сентябре произошло важное для Семинарии событие. На заседании Генерального Синода 12-14 сентября 2012 года было подтверждено решение о том, что Теологическая Семинария полностью перейдет на курсовую и заочную систему обучения. Такое решение было связано с тем, что заочное обучение всегда было самым популярным предложением Семинарии, а теперь будет развиваться дальше наряду со специальными курсами для церковных сотрудников и для повышения квалификации пасторов. Будет разработан новый учебный план со значительным количеством заданий, выполняемых дома и контролируемых по Интернету. База Семинарии как и прежде осталась  в Новосаратовке.