Теологическая Семинария имеет долгую и непростую предысторию. Это и Теологический факультет Тартуского Университета, основанного в 1802 г., на котором до Октябрьской революции обучалось большинство пасторов нашей Церкви. Это и знаменитый «Семинар проповедников», существовавший в Ленинграде в 1925-34 гг. Это и курсы, открытые в Риге Харальдом Калниньшем в 1989 г. сразу после начала возрождения нашей Церкви.
Но современная работа Теологической Семинарии началась в деревне Новосаратовка в 1997 году. Выбор места, где обучались будущие служители Евангелическо-Лютеранской Церкви был далеко не случаен.
В 1763 г. в этом пригороде Санкт-Петербурга обосновались переселенцы, положившие начало колонии российских немцев с Поволжья. Отсюда появилось и название местности: Новосаратовка, т. е. Новый Саратов. Центром поселения стала сначала деревянная, а потом и каменная церковь, получившая имя св. Екатерины.
После революции 1917 г., прежде всего в 30-х и начале 40-х гг., на долю Новосаратовки выпало трудное время. Людей арестовывали и без объяснений бросали в тюрьму. Многие были расстреляны. 21 сентября 1935 г., почти век спустя после освящения и за 63 года до открытия семинарии, советские власти закрыли церковь. После закрытия церкви св. Екатерины последний пастор Бруно Райхерт продолжал заботиться об общине на протяжении последующих двух лет. Его отец, пастор Пауль Райхерт, служивший с 1922 по 1932 гг. пастором в Новосаратовке, уже отвечая за приход св. Петра и Павла в Санкт-Петербурге, принял мученическую смерть. В 1941 г. оставшиеся в Новосаратовке жители немецкого происхождения были депортированы в Сибирь, Казахстан и Среднюю Азию. Лишь немногим из них посчастливилось выжить. Расположенное рядом с семинарией кладбище некогда принадлежало церкви св. Екатерины. Сегодня еще можно увидеть несколько надгробий с немецкими именами, среди них памятник Отто Герману фон Шталю, который служил пастором в Новосаратовке с 1868 по 1875 гг.
Во время Второй мировой войны башню церкви св. Екатерины пришлось снести, т. к., по мнению властей, она могла послужить ориентиром для немецких самолетов. После войны церковь была перестроена в школу.
Когда в 1994 г. Евангелическо-Лютеранская Церковь получила это здание, оно находилось в ужасном состоянии. Только благодаря классическим колоннам возле западного входа, круглому притвору перед капеллой и арочным окнам сегодня можно распознать старую церковную постройку.
1 мая 1997 г. в здании Теологической семинарии в Новосаратовке прошли первые занятия, а 26 сентября 1998 г. состоялось освящение семинарии.
В течение последующих 20 лет Новосаратовка стала настоящим и любимым домом для студентов и преподавателей. Здесь также совершались многочисленные богослужения, проводились Крещения и даже венчания. Было организовано множество научных конференций и семинаров, имеющих большое значение.
Однако в связи с переходом на дистанционную форму обучения и отсутствием очного образования стало понятно, что недвижимость в Новосаратовке является обременительной для Семинарии. Поэтому было принято непростое решение о переезде в помещения Петрикирхе, в самом сердце Санкт-Петербурга. Переезд состоялся осенью 2020 года, а уже 18 апреля 2021 года, в 500-летнюю годовщину выступления Мартина Лютера на Вормском рейхстаге, новые помещения Семинарии были освящены. С этого момента можно говорить о новом периоде в жизни Семинарии и развития теологического образования в нашей Церкви в целом. За последние годы подготовлено огромное количество учебных материалов, организована работа образовательной платформы в Интернете. Преподаватели Семинарии участвуют в самых значимых научных конференциях и в семинарах, проводимых общинам в разных уголках России и даже за ее пределами.