В структуру Религиозной духовной образовательной организации дополнительного профессионального  образования "Теологическая Семинария Евангелическо-Лютеранской Церкви" входят: Попечительский Совет, Педагогический совет, ректор, общее собрание работников.

Высшим органом управления  Религиозной духовной образовательной организации дополнительного профессионального  образования "Теологическая Семинария Евангелическо-Лютеранской Церкви" является Попечительский Совет. Попечительский совет формируется Генеральной Консисторией ЕЛЦР в количестве не менее 3 человек, путем назначения в него священнослужителей из числа членов ЕЛЦР имеющих опыт образовательной и воспитательной деятельности, в том числе епископов или Архиепископа. Ректор является членом Попечительского Совета по должности.

 Религиозной духовной образовательной организации дополнительного профессионального образования "Теологическая Семинария Евангелическо-Лютеранской Церкви" управляет ректор, который назначается на должность Учредителем Семинарии (ЕЛЦР в соответствии со своим Уставом).  Церемония введения в должность проводится в соответствии с Внутрицерковным Уставом. В настоящее время ректором является Тихомиров Антон Владимирович.

Педагогический совет формируется Попечительским Советом в количестве не менее 3 человек сроком на 6 лет. В состав Педагогического Совета Семинарии входят Ректор Семинарии и педагогические работники, назначенные Попечительским Советом. Председателем Педагогического Совета Семинарии является Ректор.

Общее собрание работников состоит из представителей всех категорий работников Семинарии. К компетенции Общего собрания работников Семинарии относятся рассмотрение основных вопросов социально-экономического, учебно-методического, научного развития Семинарии. Общее собрание созывается по мере необходимости, но не реже 1 раза в 6 лет.