В структуру Религиозной духовной образовательной организации высшего образования "Теологическая Семинария Евангелическо-Лютеранской Церкви" входят: Попечительский Совет, Ученый совет, ректор, общее собрание (конференция) работников и обучающихся.

Высшим органом управления  Религиозной духовной образовательной организации высшего образования "Теологическая Семинария Евангелическо-Лютеранской Церкви" является Попечительский Совет. Попечительский Совет состоит из трех членов – пасторов и священнослужителей, входящих в состав церквей ЕЛЦР. Состав Попечительского Совета утверждается Генеральной Консисторией ЕЛЦР по предоставлению Архиепископа ЕЛЦР сроком на 2 года. Председателем Попечительского Совета является Архиепископ ЕЛЦР. В настоящее время Дитрих Борисович Брауэр.

 Религиозной духовной образовательной организации высшего образования "Теологическая Семинария Евангелическо-Лютеранской Церкви" управляет ректор, который назначается на должность Учредителем Семинарии (ЕЛЦР в соответствии со своим Уставом).  Церемония введения в должность проводится в соответствии с Внутрицерковным Уставом. В настоящее время ректором является Тихомиров Антон Владимирович.

Ученый совет состоит из трех членов: ректора и двух штатных преподавателей. Состав Ученого совета утверждается ректором сроком на два года.

Общее собрание (конференция) сотрудников и обучающихся представляет полномочия трудового коллектива и коллектива обучающихся.  К компетенции Общего собрания относится принятие правил внутреннего распорядка обучающихся, предложений по изменению и улучшению условий труда, образовательного процесса, вопросы трудовой  дисциплины, рассмотрение вопросов, вносимых на обсуждение ректором и Попечительским Советом, выработка рекомендаций по работе Семинарии, адресованных Попечительскому Совету и ЕЛЦ. 

В случае конфликтных ситуаций сотрудники и обучающиеся могут обратиться к Общему собранию (конференции).